├── E_coli_K12
│   ├── benchmark           # benchmark CPU && FPGA
│   ├── compute.xclbin      # xclbin
│   ├── do_index            # index E_coli_K12
│   ├── gatk_cpu            # run gatk with cpu mode
│   ├── gatk_fpga           # run gatk with fpga mode
│   ├── input               # source file
│   │   ├── fasta
│   │   └── fastq
│   └── libcompute.so       # jni impl by xilopencl
├── prebuilt
│   └── gatk.jar            # gatk prebuit
├── README.md                # Readme
└── src
    ├── gatk                 # gatk patch && build 
    │   ├── gatk.patch
    ├── jni
    │   └── compute         # libcompute source
    └── vitis
        ├── compute_kernels     # vitis kernel
        ├── gene_system         
        └── gene_system_hw_link