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| Name | Name | Last commit date | ||
|---|---|---|---|---|
Simple tool to verticalize text delimited files.
Author: Pierre Lindenbaum Phd @yokofakun
Verticalize can be installed with conda:
conda install conda-forge::verticalize
make
verticalize (options) (file|stdin)
$ git log --pretty=format:'%h|%an|%s' | verticalize -n -d '|' >>> 1 $1 : 53c8167 $2 : Pierre Lindenbaum $3 : 1st <<< 1 >>> 2 $1 : 9e23c0c $2 : Pierre Lindenbaum $3 : Initial commit <<< 2
$ curl "https://raw.githubusercontent.com/ekg/vcflib/master/samples/sample.vcf" |\
grep -vE "^##" |\
verticalize>>> 2 $1 #CHROM : 19 $2 POS : 111 $3 ID : . $4 REF : A $5 ALT : C $6 QUAL : 9.6 $7 FILTER : . $8 INFO : . $9 FORMAT : GT:HQ $10 NA00001 : 0|0:10,10 $11 NA00002 : 0|0:10,10 $12 NA00003 : 0/1:3,3 <<< 2 >>> 3 $1 #CHROM : 19 $2 POS : 112 $3 ID : . $4 REF : A $5 ALT : G $6 QUAL : 10 $7 FILTER : . $8 INFO : . $9 FORMAT : GT:HQ $10 NA00001 : 0|0:10,10 $11 NA00002 : 0|0:10,10 $12 NA00003 : 0/1:3,3 <<< 3 >>> 4 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 14370 $3 ID : rs6054257 $4 REF : G $5 ALT : A $6 QUAL : 29 $7 FILTER : PASS $8 INFO : NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2 $9 FORMAT : GT:GQ:DP:HQ $10 NA00001 : 0|0:48:1:51,51 $11 NA00002 : 1|0:48:8:51,51 $12 NA00003 : 1/1:43:5:.,. <<< 4 >>> 5 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 17330 $3 ID : . $4 REF : T $5 ALT : A $6 QUAL : 3 $7 FILTER : q10 $8 INFO : NS=3;DP=11;AF=0.017 $9 FORMAT : GT:GQ:DP:HQ $10 NA00001 : 0|0:49:3:58,50 $11 NA00002 : 0|1:3:5:65,3 $12 NA00003 : 0/0:41:3:.,. <<< 5 >>> 6 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 1110696 $3 ID : rs6040355 $4 REF : A $5 ALT : G,T $6 QUAL : 67 $7 FILTER : PASS $8 INFO : NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB $9 FORMAT : GT:GQ:DP:HQ $10 NA00001 : 1|2:21:6:23,27 $11 NA00002 : 2|1:2:0:18,2 $12 NA00003 : 2/2:35:4:.,. <<< 6 >>> 7 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 1230237 $3 ID : . $4 REF : T $5 ALT : . $6 QUAL : 47 $7 FILTER : PASS $8 INFO : NS=3;DP=13;AA=T $9 FORMAT : GT:GQ:DP:HQ $10 NA00001 : 0|0:54:.:56,60 $11 NA00002 : 0|0:48:4:51,51 $12 NA00003 : 0/0:61:2:.,. <<< 7 >>> 8 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 1234567 $3 ID : microsat1 $4 REF : G $5 ALT : GA,GAC $6 QUAL : 50 $7 FILTER : PASS $8 INFO : NS=3;DP=9;AA=G;AN=6;AC=3,1 $9 FORMAT : GT:GQ:DP $10 NA00001 : 0/1:.:4 $11 NA00002 : 0/2:17:2 $12 NA00003 : 1/1:40:3 <<< 8 >>> 9 $1 #CHROM : 20 $2 POS : 1235237 $3 ID : . $4 REF : T $5 ALT : . $6 QUAL : . $7 FILTER : . $8 INFO : . $9 FORMAT : GT $10 NA00001 : 0/0 $11 NA00002 : 0|0 $12 NA00003 : ./. <<< 9 >>> 10 $1 #CHROM : X $2 POS : 10 $3 ID : rsTest $4 REF : AC $5 ALT : A,ATG $6 QUAL : 10 $7 FILTER : PASS $8 INFO : . $9 FORMAT : GT $10 NA00001 : 0 $11 NA00002 : 0/1 $12 NA00003 : 0|2 <<< 10
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